Después de pasar años apartados del mundo humano, en esa nueva aventura, el objetivo de las Tortugas Ninja será ganarse el corazón de los habitantes de la Gran Manzana, además de conseguir ser aceptados como quinceañeros normales. De nuevo, para demostrar que son capaces de llevar a cabo actos heroicos, su amiga April O’Neil les echará un cable. Eso sí, pronto se verán superados ante la llegada inminente de un ejército de mutantes que pretende atacarles.